Historie Theaterhaus Jena sahá až do druhé poloviny 19. století. Jeho současná podoba se začala formovat v roce 1991, kdy tehdejší kulturní radní města přesvědčil skupinu absolventů renomované berlínské univerzity umění (Hochschule für Schauspielkunst Ernst Busch), aby v Jeně vytvořili nové herecké uskupení. Už tehdy se začalo profilovat jako experimentální soubor hledající inovativní divadelní jazyk a cílící na mladé a otevřené publikum. V posledních letech divadlo představuje dynamickou uměleckou platformu a je známé především jako „svobodná laboratoř mladých talentů a nových forem“.
Do roku 2024 divadlo ve spolupráci se souborovou radou vedli Maarten van Otterdijk a Lizzy Timmers, kteří platili za „volné pokračování“ úspěšné éry uskupení Wunderbaum, kteří zde působili v letech 2018–2022. Od minulé sezony tvoří pětičlenné umělecké vedení Azeret Koua, Céline Karow, Daniele Szeredy, Josef Bäcker a Lukas Pergande. Theaterhaus Jena klade velký důraz na kolektivní tvůrčí a rozhodovací proces i úzkou spolupráci s celým hereckým ansámblem. Na repertoáru najdeme texty současných dramatiků i autorské inscenace, které jsou charakteristické svou snahou překračovat hranice „tradičního“ divadla.